1、消毒原理不同：臭氧消毒的原理是通过臭氧发生器释放高浓度臭氧，改变细菌的通透性，从而达到灭菌的效果，可以对不耐高温的餐具等物品进行消毒。负离子消毒是通过释放负离子改变细菌和病毒结构，或者是使其电极发生颠倒，而让细菌失去活性或者死亡，达到消毒的效果。

2、用途不同：臭氧消毒柜适用于不耐高温餐具的消毒，并可对水果、蔬菜进行保鲜。臭氧是一种淡蓝色气体，除具有除臭、保鲜、清新空气作用外，还可进入细菌内部，破坏其细胞结构和氧化酶，浓度达到一定程度时可达到杀菌效果。消毒柜内臭氧浓度越大，杀菌效果越好。负离子消毒柜有杀灭病菌、消烟、除尘、净化空气的作用，吸入负离子可有效缓解疲劳，消除烦躁，提神醒脑的作用，可适用于各个家庭场合。负离子的产生来源主要包括两方面，一是大气受紫外线，宇宙射线，放射物质，雷雨，风暴，土壤和空气放射线等因素的影响发生电离而被释放出的电子经过地球吸收后再释放出来很快又和空气中的中性分子结合，而成为负离子，或称为阴离子。二是瀑布冲击，细浪推卷暴雨跌失等自然过程中水在重力作用下，高速流动，水分子裂解而产生负离子。