1、学科设计不同：医科大学必须设有3个以上国家规定的学科门类为主要学科；而医学院一般设有1个国家规定的学科门类为主要学科。

2、人数要求不同：医科大学全日制在校学生计划规模在5000人以上；而医学院全日制在校学生计划规模在3000人以上。

3、实力不同：医学院专业性较强，在某一专业具有较强的实力；而医科大学比较综合，在各个方面均有涉猎，在某些专业学科上医学院的教学能力和科研水平可能高于某些医科大学的同一专业。