意思不同、版权不同、主体不同。

1、意思不同：旗舰店是店铺的一种级别，授权店指的是品牌授权开设的专卖店，指的是品牌总部旗下经营的店铺或者代理商开设的直营店。加盟店是跟授权店一样，得到品牌总部授权加盟该品牌开设的专卖店。

2、版权：旗舰店的主体是否是品牌方自己的。如果不是自己的，那就必须要有品牌方的授权证书，否则就是不正规假冒的。授权店也就是经销商，所谓的专卖店就应该是零售店。而经销商既可以是被授权的个人，或者正规企业，也可以自己的零售店，自己就是自己的经销商。

3、主体不同：官方旗舰店是指品牌方自己开设的旗舰店，开店的主体也就是品牌的主体。官方授权旗舰店是指品牌方授权其他公司开设的旗舰店，开店的主体和品牌的主体是不一样的。