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1、铁道与城市轨道交通研究院所属主要学科的历史可以上溯到1921年上海交通大学机械科铁道机械工程门，当时任中科院学部委员、第一、二、三届人大代表的上海交通大学程孝刚教授为中国机车车辆工程技术和机车车辆高等教学奠定了基础，在院系调整中。

2、同济大学，上海交通大学等院校的铁路技术相关专业合并为上海铁道学院，后又与上海铁道医学院合并为上海铁道大学。

3、 2000年与同济大学合并后，成立了铁道与城市轨道交通研究院，成为一个虚实结合的面向铁路工程技术的窗口。

4、2003年为了增强铁道技术优势，整建制调入机械学院的机车车辆研究所及部分铁路方向教师，进一步壮大了学科的科研力量。

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